正常精子形状类似蝌蚪，头部是椭圆形的，中段细，尾部是直的、非卷曲的、均一的，比中段细。在精液检查中，可以见到头部为尖头、锥形头、不规则形、大头、小头、双头，中段增粗、有胞浆小体，尾部粗短、分叉、卷曲、双尾等异常精子。头部含有遗传物质，它的缺陷对生育影响较大；胞浆小体大于精子头的一半，意味着精子不成熟；尾卷曲可能与锌元素含量有关，其他尾部缺陷可能与无症状生殖系统感染有关。一个精子可能有多种缺陷，精子形态异常往往与少精或精子活力差同时存在，但有时也可单独存在。精子畸形率的增高，往往间接反映了睾丸生精功能的障碍，也必然影响到精子的受精能力。

对精子形态的评价要针对整个精子：

即包括头、中段和尾。应将精子涂片并染色后观察，只有头、中段和尾都正常的精子才正常，所有形态处于临界状态的精子均列为异常。按照严格的标准，15％或更多的精子应具有正常形态。如果正常形态精子少于15％，则称为畸精子症，可造成不育。如果畸精子症经全面详细的检查而找不出任何明确原因时，称为特发性畸精子症。精子形态异常时，不利于穿透宫颈黏液而进入子宫腔和输卵管，头部畸形时多数无顶体，可导致精子无法与卵子融合。

目前精子畸形率检查存在两方面的局限：

一是精子畸形类型的产生和意义不甚明了，并且各类畸形对受精的影响可能不尽相同，而精液分析报告中往往只提供畸形率而无分类，从而影响判断。二是目前的检查方法是全精液涂片、染色后观察，无法区分畸形精子是活精子还是死精子，由于精子死亡后可能引起精子变形，尤其是死精子百分率较高时，会出现精子畸形率高的表象；而提取高活力精子会使精子获能，引起精子的一些形态改变，影响对精子形态是否正常的判别。因此，精子畸形率不能简单地由百分数判别，而应由医生综合判定。